基本医疗保险基金管理的基本任务主要包括以下几方面：
认真贯彻执行国家有关法律、法规和方针、政策。基本医疗保险是一项难度很大、政策性很强的工作，它涉及到广大保险对象的切身利益，还直接影响改革、发展和稳定的大局。因此，基本医疗保险基金管理工作必须坚决按照国家有关法律、法规和方针、政策执行。
依法筹集和使用基金。根据国家有关方针、政策的规定，既要按规定及时、足额筹集基金，同时还要保证支出的需要。
建立健全各项管理制度。基本医疗保险基金管理工作包括：通过制定基本药品、诊疗项目、服务设施等范围明确医疗保险保障范围；制定科学的基本医疗保险待遇支付制度；建立建全基本医疗保险基金预算制度、财务会计制度、审计制度和各项内部管理制度等，做到计划有依据、收支有标准、拨款有预算、管理有制度、监督有要求，使基本医疗保险基金管理工作有法可依、有章可循，实现规范化管理。
做到基金的计划、控制、核算、分析和考核工作。基金的计划、控制、核算、分析和考核是基本医疗保险基金管理工作的基本任务，通过对基金的筹集、支付、营运等环节进行严格管理，发现问题要及时解决。
基本医疗保险基金纳入财政专户，实行收支两条线管理。专款专用。任何部门、单位和个人均不得挤占、截留和挪用，也不得用于平衡财政预算。
建立健全职工基本医疗保险基金行政监督、审计监督和社会监督机制，保证国家及社会保障方面的各项方针、政策、法规的贯彻执行，强化社会保险基金收支运行的管理、保证基金的安全完整。
